Д.м.н., профессор Н.Н.Ваганов возглавляет кафедру медико-социальных проблем охраны материнства и детства Российской медицинской академии последипломного образования. Является главным врачом Республиканской детской клинической больницы.
     С 1987 г., когда Н.Н.Ваганов работал в Министерстве здравоохранения СССР в должности заместителя начальника Главного управления лечебно-профилактической помощи детям и матерям, наиболее ярко проявился его талант как организатора детского здравоохранения, способного инициировать неординарные идеи, воплощая их в жизнь. Н.Н.Ваганов являлся участником создания и непосредственным исполнителем региональных программ по снижению младенческой смертности. С 1989 по 1996 гг. Н.Н.Ваганов являлся заместителем министра здравоохранения России, курирующим службу охраны здоровья матери и ребенка. За период работы в должности заместителя министра Н.Н.Ваганов руководил и принимал непосредственное участие в разработке важнейших целевых федеральных программ: "Индустрия детского питания", "Дети-инвалиды", "Планирование семьи", "Безопасное материнство", "Вакцинопрофилактика", в реализацию которых он вложил много профессионализма и организаторский талант. На фоне ухудшения всех показателей здоровья населения, наблюдавшегося в России в течение последнего десятилетия, педиатрам страны удалось снизить младенческую смертность, в чем несомненная заслуга Н.Н.Ваганова.
     С 1991 г. он возглавляет кафедру медико-социальных проблем охраны материнства и детства Российской медицинской академии последипломного образования. Николай Николаевич - автор более 100 научных публикаций, 5 монографий, под его руководством защищены кандидатские и 2 докторские диссертации. С 1998 г. и по настоящее время Н.Н.Ваганов - главный врач Российской детской клинической больницы.